Regresión (siglo XVII)
En el año 1593, el rey suspendió unilateralmente una parte importante de los acuerdos tomados en la Corte de 1585 y, a partir de aquel momento, se inició una etapa de conflictos intermitentes, pero progresivamente graves, entre las instituciones catalanas, aferradas al régimen paccionado y una monarquía con una implantación internacional de carácter imperial, que comportaba no sólo una tendencia hacia el ejercicio absoluto del poder y la igualación de regímenes de los diferentes Estados de la Corona, sino también unos compromisos bélicos continuados y muy gravosos en diversos frentes. En consecuencia, los monarcas de la primera mitad del siglo XVII presionaron intensamente a la Diputación del General, en un contexto de crisis social que se iría agudizando.
El conflicto explotó dramáticamente en el año 1640 y originó una nueva guerra civil que no deja de recordar la del siglo XV: separación de Cataluña respecto a la monarquía hispánica, alianza y después vinculación directa con Francia, agotamiento de la experiencia y retorno a la soberanía del rey de España y, como balance final, fortalecimiento del poder real en Cataluña a partir de 1652 y cesión definitiva del condado del Rosellón y parte del de Cerdaña a Francia en 1659.
La subordinación irreversible de la Diputación al poder de la monarquía fue compensada, en parte, por la organización de la Conferencia de los Tres Comunes –la misma Diputación, El Consejo de Ciento barcelonés y el Brazo militar-, que intentó defender los intereses del Principado durante la última parte del siglo XVII y que, a raíz de la sucesión de Carlos II en 1700, condujo el Principado desde la aceptación inicial de Felipe V de Borbón hasta el cambio de bando al amparo del pacto de Génova de 1705. El desenlace de la Guerra de Sucesión, con el sitio y la capitulación de Barcelona el 11 de septiembre de 1714, determinó la abolición de la Diputación y de las otras dos instituciones integradas en la Conferencia de los Tres Comunes.