El conflicto con la monarquía hispánica, 1593-1652
Entre 1599, al inicio del reinado de Felipe II (III de Castilla), y 1701, desde la coronación de Felipe IV (V), primer rey de la dinastía borbónica, no hubo otra celebración de Cortes que la del año 1626, interrumpida, y reprimida en 1632, pero finalmente inconclusa por falta de posibilidad de acuerdo entre la monarquía y los representantes de la sociedad catalana. En muchos aspectos, la última piedra del edificio constitucional de Cataluña se puso en la Corte General de Barcelona de 1599. Antes de quedar interrumpido el funcionamiento político normal de Cataluña, esta Corte, que contaba con la presencia prescriptiva del monarca, puso ya en evidencia el conflicto institucional que explotaría al inicio del siguiente reinado, el de Felipe III (IV) el año 1622: Los reyes, alejados físicamente de Cataluña, pretendían que las instituciones catalanas aceptasen los delegados de poder real –lugartenientes y capitanes generales- antes que el nuevo monarca hubiese jurado las constituciones. En 1623, después de la larga resistencia, fue aceptado un lugarteniente interino que duró más de tres años, hasta que el monarca cumplió el requisito constitucional del juramento en ocasión del inicio de la Corte frustrada de 1626.
Aunque en 1599 quedó en suspenso la intención de cobrar la quinta parte de los ingresos de los municipios, la presión fiscal de la monarquía sobre Cataluña iba aumentando y los intentos de cobrar el quinto se reanudaron en 1611 y afectaron a la ciudad de Barcelona en 1620. La resistencia de los municipios fue amparada por la Diputación de la Generalitat, que declaró inconstitucionales tanto el impuesto en sí como los procedimientos drásticos para cobrarlo. Igualmente, fue considerada contrafacción el reiterado intento virreinal de prohibir la posesión de determinadas armas, argumentado por el grave problema de bandolerismo y la necesidad de establecer la seguridad pública, mientras que la Diputación instaba a las localidades a formar cuerpos defensivos propios. Otro motivo de disensión era la defensa externa del país y la cooperación con los designios militares de la monarquía. En el mismo 1599 la Diputación armó dos galeras para defender las costas catalanas, pero pronto se encontró que la Capitanía General las utilizaba para el transporte de tropas a Italia y, después de quedar presas en manos de los argelinos en 1623, la representación catalana en la Corte de 1626 aprovechó para insistir en la jurisdicción privativa del rey en materia de defensa. En esta reunión parlamentaria, la parte catalana se opuso al proyecto de Unión de Armas del ministro Olivares, que preveía el sostenimiento estable de un ejército de 16.000 hombres pagados por la Diputación. El fracaso de las negociaciones parlamentarias, motivadas por estos y otros conflictos, detuvieron la aprobación de nuevas leyes previstas para ampliar la base representativa de la Diputación y constituir la Sala de Sant Jordi, un tribunal de garantías constitucionales destinado a reformar la Observancia.
El paso de la guerra latente a la guerra abierta con Francia convirtió Cataluña en frontera militar y base logística en 1635. El alojamiento de los soldados del rey, así como las levas encubiertas, el incremento de la presión fiscal y otros abusos, además de la prohibición del comercio con Francia, fueron el escenario del ejercicio trienal iniciado en el verano de 1638 por los diputados Pau Claris (eclesiástico y, por tanto, presidente de la institución a efectos ceremoniales), Francesc de Tamarit (militar) y Josep Quintana (popular). Las acusaciones de contrafacción por motivo de los alojamientos fueron consideradas responsables de la revuelta campesina de 1640, que dio lugar a la encarcelación de Tamarit y que, en su momento, encendió más la revuelta, que entró en Barcelona el 22 de mayo para liberarlo y, en el curso de la revuelta del día 7 de junio (Corpus de Sangre), acabó con la vida del virrey, conde de Santa Coloma, en medio de la pasividad de diputados y consejeros. Este acto precipitó el inicio de la Guerra de los Segadores.
La Diputación ató con Francia el pacto de Ceret el 7 de septiembre de 1640, por el cual Cataluña tenía que recibir apoyo militar, se separaría de la Monarquía Hispánica y quedaría constituida como república libre bajo la protección del rey francés. Pau Claris convocó la Junta General de Brazos, que se erigió en la institución rectora de la nueva situación, hizo oficiales los compromisos con Francia y la secesión y emitió deuda pública para financiar los gastos militares. El avance victorioso de las tropas castellanas por Cambrils y Tarragona hizo que la Junta cediese a las presiones francesas y proclamase a Luís XIII Conde de Barcelona, el 23 de enero de 1641, tres días antes de la batalla de Montjuïc, que paró el ataque a Barcelona. Aunque el pacto de Péronne del 19 de septiembre de 1641 respetaba las constituciones y el pactismo, los abusos sobre la población catalana y sobre sus instituciones, no sólo no disminuyeron, sino que se incrementaron gravemente a lo largo de los años de dominio francés, mientras que la guerra se extendía sobre los territorios catalanes, hasta que la debilidad ocasionada por la minoría de edad de Luís XIV y la fractura institucional de la misma Diputación, facilitaron los éxitos de la ofensiva castellana de 1651-1652, dirigida por Juan José de Austria, que entró en Barcelona. La guerra se alargó todavía hasta que el tratado de los Pirineos de 1659 sancionó la anexión a Francia del Rosellón, el Conflent, el Vallespir y parte de la Cerdaña.