La decadencia institucional, 1652-1714
Desembarco del archiduque Carlos de Austria en Barcelona.
El retorno de Cataluña a la Monarquía Hispánica implicó la subordinación de la Diputación del General a la Corona, mediante la instauración de nuevas reglas para la insaculación y la obligación de participar en el sostenimiento de las guarniciones militares asentadas en territorio catalán, mientras que la fiscalidad regia se iba expandiendo. El riesgo constante del descalabro financiero y la ausencia de Cortes restringieron extraordinariamente el margen de maniobra de la Diputación, que no pudo afrontar la persecución del fraude fiscal ni actualizar el sistema impositivo y que, en general, se tornó un instrumento muy dócil en manos de los delegados del rey, sin excluir, sin embargo, protestas y denuncias por las recurrentes contrafacciones. La decadencia institucional de la Diputación contrasta, en la segunda mitad del siglo XVII, con la mayor vitalidad y el protagonismo del Consejo de Ciento de Barcelona, basados en una situación financiera menos ahogada y en la recuperación de la economía urbana.
En el curso de los últimos años del siglo, cobró relieve una asociación informal entre la Diputación y el Consejo de Ciento y el Brazo militar en la denominada Conferencia de los Tres Comunes, en el seno de la cual, sin duda, la Diputación se mostró en general la parte más propicia a seguir las indicaciones de la Corona. A raíz de la muerte de Carlos II en 1700, los Tres Comunes aceptaron la continuidad interina del lugarteniente en ejercicio y se les solicitó también que aceptasen a Felipe de Anjou como rey –y a su lugarteniente- antes del juramento de las constituciones, que se produjo en Barcelona, con ocasión de la celebración de las Cortes de 1701-1702, las primeras después de un siglo de interrupción. Además de medidas favorables al comercio catalán, estas Cortes fueron fructíferas en la esfera constitucional, sobre todo por el establecimiento de un Tribunal de Contrafacciones.
Ahora bien, la conculcación práctica de las constituciones por el virrey Velasco y la desconfianza hacia los Borbones derivada de la penosa experiencia de 1641-1659 y de los ataques militares de Luís XIV en Cataluña, en los últimos años del siglo, juntamente con las presiones de ingleses, holandeses y austriacos, que en 1702 optaron por el archiduque Carlos de Habsburg como sucesor de Carlos II, inclinaron las instituciones catalanas a romper la fidelidad a Felipe V. Por el pacto de Génova del 20 de junio de 1705, los ingleses se comprometían a desembarcar un ejército en Cataluña y respetar las constituciones. Los otros reinados de la Corona de Aragón también optaron por el austriacismo y constituyeron el soporte principal de los aliados en territorio peninsular. Carlos III de Habsburg celebró las Cortes en Barcelona en 1705-1706, que ratificaron y desarrollaron las concesiones hechas anteriormente por Felipe V y reconocieron la organización de los Tres Comunes. Después de la batalla de Almansa, que abrió al Borbón las puertas de Valencia, y de la ocupación de Aragón en la primavera de 1707, el mes de junio abolía los fueros de los dos reinados y quedaba anunciado lo que tenía que suceder en Cataluña en caso de triunfo de Felipe V. A pesar de que la Guerra de Sucesión aún comportó espectaculares cambios en el escenario de los campos de batalla, la suerte de Cataluña quedó sentenciada por un hecho político, el acceso de Carlos de Habsburg al trono imperial en 1711 que, por los peligros de constitución de una gran potencia continental, apareció a los ojos de los ingleses menos deseable que la entrega de la Corona de España al nieto de Luís XIV. Inmediatamente, comenzaron los contactos que dieron lugar, finalmente, a los tratados de Utrecht y Rastatt (1713-1714).
En 1712, los ejércitos aliados se retiraron de la península y Cataluña quedó entregada a sus propias fuerzas. En julio de 1713, la Junta de Brazos decidió, Bajo la presión del Brazo real, oponer resistencia a los ejércitos borbones, pero estos fueron ocupando el territorio. En abril de 1714 comenzó el sitio de Barcelona, defendida por las compañías creadas por los gremios, bajo las órdenes de Antonio Villarroel y Rafael Casanova. El asalto definitivo de la ciudad se produjo el 11 de septiembre: Casanova resultó herido y Villarroel capituló. El último reducto de resistencia, Cardona, capituló pocos días después.