Els contaminants químics són compostos perillosos per a l'organisme humà que normalment no es troben presents en els aliments, però que de vegades hi poden aparèixer. Poden tenir origen ambiental o industrial, i en alguns casos tots dos.   

Entenem per residus de la producció agroalimentària els tòxics que són fruit de la incorporació de substàncies durant el tractament en els processos de producció. La presència dels residus sol estar relacionada amb els sistemes de producció, la manipulació o el tractament dels aliments. 

La legislació actual s’encarrega d’establir les quantitats màximes permeses d'aquest tipus de substàncies en els aliments. 

A tall d’exemple, els residus de la producció agroalimentària que han estat detectats en els aliments són els següents:

• Medicaments en la producció animal
• Resistència antimicrobiana
• Plaguicides
• Nitrats, nitrits i nitrosamines