Les micotoxines són metabolits secundaris de certs fongs presents a aliments pel consum humà i dels animals produïdes per cert fongs, principalment  en farratges, gra i lleguminoses al camp i abans duant la collita i durant el seu emmagatzematge en països amb clima humit i temperatures elevades.  

Les espècies de fongs toxicogènics més importants pertanyen a tres gèneres: Aspergillus, Penicillium i Fusarium. i les micotoxines més conegudes són les aflatoxines, l'ocratoxina, la patulina, la funomisina, els tricotecens  i la zerealona.

Des del punt de vista de salut de les persones és més important la possible toxicitat crònica que l’aguda. Algunes, com les aflatoxines, estan classificades com a carcinogens.

Les micotoxines es poden trobar a productes agrícoles com farratge, cereals, fruits secs, cafè, cervesa, mongetes, tomàquets i en aliments d’origen animal: com ara carn, llet i ous.

No es poden eliminar completament però sí mantenir els nivells en uns límits màxims en els aliments i els pinsos per tal que l’exposició de la població a travès dels aliments  no suposi un risc.

Aflatoxines
Ocratoxina
Patulina
Zearaleona
Altres micotoxines