Les principals línies de treball són:

- Planificació i gestió de la recerca. Inclou el disseny dels sistemes de priorització i selecció de temes per a convocatòries públiques d'ajuts a la recerca en l'àmbit de la salut i els serveis sanitaris, així com l'execució i el seguiment d'aquestes convocatòries i la disseminació dels seus resultats.

- Avaluació de projectes de recerca. Mitjançant la metodologia de l'avaluació per experts (peer-review), d'acord amb uns criteris i uns terminis preestablerts i de forma anonimitzada, es valoren la rellevància i la qualitat científica dels projectes i, posteriorment, l'expertesa i la capacitat investigadora dels equips investigadors.

- Avaluació de memòries científiques de projectes de recerca finançats. Té en compte l'assoliment dels objectius formulats, les activitats dutes a terme, el compliment del calendari establert i la producció científica derivada de la recerca finançada. Es realitza, també, per dos revisors independents.

- Avaluació de l'impacte de la recerca. Comprèn l'avaluació del retorn de la inversió en recerca, no només quant als resultats primaris sinó també pel que fa als avenços en el procés de recerca, els beneficis per a les institucions implicades i els impactes socials.