Las principales líneas de trabajo son:

- Planificación y gestión de la investigación. Incluye el diseño de los sistemas de priorización y selección de temas para convocatorias públicas de ayudas a la investigación en el ámbito de la salud y los servicios sanitarios, así como la ejecución y el seguimiento de estas convocatorias y la diseminación de sus resultados.

- Evaluación de proyectos de investigación. Mediante la metodología de la evaluación por expertos (peer-review), de acuerdo con unos criterios y unos plazos preestablecidos y de forma anonimizada, se valoran la relevancia y la calidad científica de los proyectos y, posteriormente, la experiencia y la capacidad investigadora de los equipos investigadores.

- Evaluación de memorias científicas de proyectos de investigación financiados. Tiene en cuenta la consecución de los objetivos formulados, las actividades llevadas a cabo, el cumplimiento del calendario establecido y la producción científica derivada de la investigación financiada. Se realiza, también, por dos revisores independientes.

- Evaluación del impacto de la investigación. Comprende la evaluación del retorno de la inversión en investigación, no sólo en cuanto a los resultados primarios sino también en lo que se refiere a los avances en el proceso de investigación, los beneficios para las instituciones implicadas y los impactos sociales.